Isla Mujeres fue descubierta por los españoles durante una expedición comandada por Francisco Hernández de Córdoba en el año de 1517. En tiempos prehispánicos la isla estaba consagrada a Ixchel, diosa maya de la Luna, el amor y la fertilidad, la cual recíbia ofrendas con formas femeninas que los creyentes depositaban en sus playas. Al llegar los conquistadores españoles y observar las figuras, la bautizaron como Isla Mujeres.

Sus colindancias son al norte con el Golfo de México y el Mar Caribe, al este con el Mar Caribe, al sur con el Mar Caribe y el Municipio de Benito Juárez.

El recinto portuario concesionado a la APIQROO cuenta con una superficie total de 5,046.09m2 de tierra, en donde se ubican las instalaciones operadas por la APIQROO. Sin embargo es importante señalar que este recinto esta conformado por dos poligonales. La A que corresponde a la Terminal Marítima de Isla Mujeres y la B que se especializa en el tráfico de transbordadores.